Nach Cuno und den Slawen kamen die Gleißberger
Kunitz wird im Jahre 1227 zum ersten Mal urkundlich erwähnt. Der Ortsname wurde im Mittelalter Condiz, in späteren Urkunden z. B. 1346 Cundicz und 1455 Cunicz geschrieben. Der Name wird sehr unterschiedlich erklärt. Koch deutet ihn als Ansiedlung eines Cuno. E. Weise leitet den Namen seiner Schulchronik von Cuniza ab, da zu Anfang des 12. Jahrhunderts eine Cuniza von Gleißberg gelebt hat, die 1133 das Kloster Lausnitz gründete. Cuniza ist ein slawisches Wort und bedeutet „Fichtenwald“.
Der Raum von Kunitz ist schon lange von der Zeit seiner ersten urkundlichen Erwähnung besiedelt gewesen. Das geht aus Funden hervor, die von allem auf dem Kunitzer Spielberg und auf dem heutigen Friedhof gemacht wurden. Die ältesten Funde weisen nach G. Neumann auf spanische Einwanderer hin, die vor etwa 4000 Jahren eine Zeitlang hier gesiedelt haben und heute nach der Form ihrer Gefäße Glockenbecherleute genannt werden. Vor über 3000 Jahren haben im Bereich des Kunitzer Friedhofs Menschen gewohnt, die der sogenannten Steinpackungsgräberkultur der mittleren Bronzezeit angehörten. Ihre Toten haben sie auf dem Spielberg in etwa 50 Gräbern bestattet, die viele interessannte Beigaben erhielten. Am Südausgang von Kunitz, westlich der Thalsteinstraße nach Jena, haben vor etwa 2500 Jahren Leute gewohnt, die der thüringischen Kultur der älteren Eiszeit angehörten und ebenfalls den Spielberg als Begräbnisplatz gewählt hatten. Germanen etwa 150 Jahre lang auf der Flussterrassean der Golmsdorfer Straße angesiedelt und ihre Gräber ebenfalls auf der Höhe des Spielbergs angelegt. Dort fanden sich etwa 20 Urnen mit weniger kleine Beigaben.
Der slawische Name des Ortes weist schließlich darauf hin, dass Kunitz eine slawische Siedlung war, und sorbische Gefäßscherben aus der Zeit vor 1000 Jahren, die nördliche des Laasaner Baches gefunden wurden, sind ein Beleg dafür. An der Grenze zwischen Kunitzer und Wenigenjenaer Flur hat bis zum 14 Jahrhundert ein Dörfchen namens Wenigenkunitz oder Wendischenkunitz gelegen. Diese Bezeichnung im Vergleich zu Kunitz kann so erklärt werden, dass die slawischen Einwohner aus der älteren Siedlung durch germanische Einwanderer verdrängt und in ein slawisches Dorf, dass nun ausdrücklich durch den Namen als solches gekennzeichnet war, umgesiedelt wurden. Im 14 Jahrhundert wurde das Dörfchen aus unbekannten Gründen verlassen.
Die nun beginnende deutsche Geschichte des Dorfes wurde in der ersten Zeit durch die Machthaber der Burg Gleißberg bestimmt, zu deren Herrschaftsbereich Kunitz gehörte. Die Herren von Gleißberg treten 1133 in die Geschichte ein, in dem ein Liutold von Gleißberg erwähnt wird. Kaiser Friedrich I übergab die Burg im 12. Jahrhundert an einen seiner Dienstmann Walter v. Weimar, der zugleich Vogt der Pfalz Allstedt und Vogt über das Schottenkloster in Erfurt war und außerdem Besitzungen in Weimar hatte. Diese Familie hat die Reichsburg Gleißburg und die zur Herrschaft gehörenden Dörfer mit Kunitz bis 1327 verwaltet. An zwei Stellen also in Allstedt und auf dem Gleißberg zu Hütern des Reichsgutes bestellt, haben die Vertreter dieser Familien weder ihren eigenen noch des reiches Vorteil zu wahren verstanden. Sie sind verarmt und von Stufe zu Stufe gesunken. Anfang des 14 Jhd. Gaben sie ihre Stellung als Reichsministeriale, d.h. als unmittelbare Gefolgsleute des Königs, auf und saßen zuletzt als Vasallen der Schenken von Dornburg bis 1327 auf der Burg, die sie dann an den Vormund des Landgrafen Heinrich Reuß II von Plauen verkauften. Nur ein Vertreter der Familie, Heinrich II, hat als Vertrauter des Landgrafen Albrecht eine Rolle gespielt und hat auch als einziger versucht das Territorium der Herrschaft Gleißberg etwas abzurunden.
Geld wird knapp
Der wirtschaftliche Ruin der Familie von Gleißberg und der ganzen Herrschaft ist jedoch nur teilweise auf die Untüchtigkeit ihrer Vertreter zurückzuführen. Die 200 Jahre ihrer Herrschaft waren im gesamten Deutschen Reich durch eine beginnende Zersetzung der Feudalherrschaft und durch die zunehmende Entfaltung der Ware-Geld-Beziehung gekennzeichnet. Durch das Absinken der preise für Getreide und einen Anstieg für Städtische Artikel kamen die kleinen Feudalherren auf dem Lande, die einen Aufwand für Kleidung und Waffen gewohnt waren, in immer größere Schwierigkeiten, zumal die gegen den Widerstand der Bauern zu entrichtenden Natural- und Geldrenten nicht unbegrenzt zu steigern waren. Der genannte Zeitabschnitt war außerdem durch eine schnelle politische und wirtschaftliche Entwicklung der Städte und durch einen Machtzuwachs der fürstlichen Landesherrschaft gekennzeichnet.
Die Herrschaft ging also in den Besitz der Reußen über und wurde 1398 von dem zuständigen Landesfürsten Markgraf Wilhelm I von Meißen als erledigtes Lehen eingezogen. In den Jahren 1401-1415 waren die reich begüterten Herren von Buttelstedt im Pfandsitz des Territoriums, das später an verschiedene Herrenverkauft bzw. zu Lehen gegeben wurde. Im Jahre 1450 belehnte Herzog Wilhelm III, einer der beiden feindlichen Brüder im Bruderkrieg, seine Räte Busso, Apel und Burkhard von Vitzthum sowie Friedrich von Witzleben mit dem inzwischen verfallenen Schloss und Zubehör. Die Vitztums hatten jedoch den Bruderkrieg verschuldet und dabei ihren persönlichen Vorteil zu nutzen versucht.
Winterfeldzug
Zur Strafe ihrer Untreue wurde die Burg in einem kurzen Winterfeldzug 1451/52 mit Hilfe gut Gerüsteter Städte Erfurt Mühlhausen und Nordhausen genommen und zerstört. Bei der vorausgegangenen wettinischen Landesteilung kam die Pflege Gleißberg und damit auch Kunitz an den Thüringischen Anteil. Nach Herzog Wilhelms Tod führten die Söhne seines Bruders Kurfürst Friedrich II, Ernst und Albrecht am 04.10.1485 eine zweite Teilung der wettinischen Lande durch, und dabei kam das Amt Jena mit Kunitz und der Pflege Gleißberg zum östlichen Teil unter Herzog Albrecht. Gleißberg gehörte nun mit den Dörfern Kunitz, Golmsdorf, Naura, Beutnitz, Löberschütz, Laasan, und Gniebsdorf zum Amt Dornburg. Bei einer Revision dieses Vertrages am 25.06.1486 in Naumburg kam die Pflege Gleißberg an den Kurfürsten Ernst zurück. Nur Kunitz blieb weiter im Amt Dornburg und gehörte zum Anteil des Herzogs Albrecht. Die dabei zum Ausdruck kommende hohe Wertschätzung des Dorfes ist zweifellos auf den damals noch sehr einträglichen Weinbau in der Kunitzer Flur zurückzuführen.
Wieder neue Herren
Im Jahre 1547 überließ Kurfürst Moritz von Sachsen das Amt Dornburg und damit auch das Dorf Kunitz den Ernestinern, die Thüringen beherrschten. In der Zeit zwischen 1603 und 1672 gehört das Amt Dornburg zum Herzogtum Altenburg. Nach dem Aussterben der Altenburger Linie war das Amt bis 1691 ein Teil des kurzlebigen kleinen Fürstentums Sachsen-Jena und kam danach zum Herzogtum Sachsen-Weimar. Bei der Neugestaltung des Großherzogtums 1850 wurde das Justizamt Dornburg aufgehoben. Kunitz kam zum Justizamt Jena.